O professor orientador atua como parceiro nas pesquisas desenvolvidas por grupos de alunos organizados em função de assuntos de investigação por eles escolhidos. Cabe-lhe orientar os alunos (individualmente e ao grupo) quanto à elaboração de questionamentos sobre o assunto de interesse escolhido, o levantamento de hipóteses e crenças momentâneas, a coleta e a seleção de informações, o estabelecimento de relações entre dados/fatos, a discussão dos resultados e a elaboração de novas indagações.
O processo de orientação dos projetos de investigação envolve compartilhamento permanente entre os colegas professores da equipe do Projeto Amora e, ainda, outros especialistas de áreas de conhecimento que, a critério do orientador, serão consultados com a finalidade de auxiliarem nas intervenções das produções dos alunos.